Cum se calculează logaritmul probabilității (scor LOD)

Scorul LOD, sau jurnalul de probabilitate, este un test genetic utilizat în analiza legăturii genetice. Scorul LOD compară probabilitatea obținerii datelor de testare dacă două loci nu sunt legate.

conținut

Pași
Metoda 1când offspring-ul este mic
Metoda 2când offspring-ul este mare
Sfaturi
Materiale necesare

pași

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 1

Există două cazuri în calculul scorului LOD. Cea mai frecventă este când aveți un număr mic de descendenți. În acest caz, utilizați metoda de la rubrica "Când descendența este mică". Dacă progenituri este mic și pentru a găsi numărul de recomebinantes nu recombinant este distanța genetică dintre ele cu exactitate gene (care este rară în genetica umană) utilizând metoda intitulată „Când descendenților este mare.“

Metoda 1
Când Offspring-ul este mic

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 2

Să presupunem o anumită distanță genetică între cele două gene (între 0 și 0 și 50 cm). Să presupunem că distanța genetică (r) este de 0,1.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 3

Să presupunem că există 13 persoane, dintre care 2 sunt recombinante. Probabilitatea nerecombinării va fi 1-r = 1-0,1 = 0,9

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 4

Pe măsură ce doriți să urmăriți fiecare genotip, împărțiți cu 2: (1-r) / 2 = 0,45. Probabilitatea recombinanților va fi r / 2 = 0,1 / 2 = 0,05

Probabilitatea de date ca ambele gene sunt atașate este ((r / 2) ^ R) * (((1-r) / 2) ^ NR), unde R = # recombinant și NR = # de non-recombinanți. Apoi, probabilitatea datei dacă cele două gene sunt legate este ((0.45) ^ 11) * ((, 05) ^ 2)
Probabilitatea datei dacă cele două gene nu sunt legate este: (0.25) ^ (R + NR) = (0.25) ^ 13
Acum, logaritmul șanselor = (probabilitatea datelor dacă cele două gene sunt legate) / (probabilitatea datelor dacă genele nu sunt legate). Apoi, șansele Logaritm = (((5) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7
Scorul OLOD va fi log10 (25,7) = 1,41.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 5

Repetați acest proces pentru 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 r 0,5.

Cel mai mare scor LOD obținut este răspunsul tău corect. Distanța genetică pe care o presupune este probabil apropiată de distanța reală dintre cele două gene de interes.

Metoda 2
Când Offspring-ul este mare

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 6

Creați un pedigree pentru două loci de interes. Cu cât colectați mai multe date, cu atât mai bine.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 7

Se determină numărul de recombinanți și numărul de non-recombinanți. De exemplu, să presupunem că alelele A1 și B1 la locusul 1 provin de la un părinte, iar nolocusele A2 și B2 provin de la celălalt părinte. Descendența care moștenează A1B1 sau A2B2 este nerecombinantă și moștenirea A1B2 sau A2B1 este recombinantă.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 8

Calculați probabilitatea obținerii rezultatelor, presupunând că cele două loci sunt legate. Acest lucru este determinat de R = (R + NR)) R * * ((1- (R / (R + NR))) NR), unde R = numărul de recombinanți NR = numărul de nerecombinanți.

De exemplu, în sistemul de grup sanguin MNS, M și S sunt legate și N și s sunt legate. Să presupunem că la 100 de persoane aleatoare, 25 au avut haplotip MS, 30 au avut haplotip MS, 6 au avut haplotip NS și 39 au avut haplotip Ns. Când M și S sunt atașate și N și s sunt atașate, MS și Ns sunt nerecombinante și Ms și NS sunt recombinante.
Astfel, numărul de recombinanți = R = 30 + 6 = 36, în timp ce numărul de nerecombinanți = NR = 25 + 39 = 64. Frecvența recombinanților este R / = 0,36.
Probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând loci este prin urmare ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 9

Calculați probabilitatea obținerii rezultatelor presupunând că cele două loci nu sunt legate. Acest lucru este asigurat de 0,5% (NR + R). În exemplul de mai sus, acesta este de 0,5% (64 + 36) = 0,5 ^ 100 = 7,88860905 × 10 ^ -31.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 10

Se împarte probabilitatea de a obține rezultatele presupunând că doi loci sunt legate (Etapa 3 de mai sus), probabilitatea de a obține rezultate presupunând că cele două locusuri nu sunt legate (din etapa 4 de mai sus). Pentru exemplul nostru, aceasta este echivalentă cu 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7.88860905 × 10 ^ -31 = 53.14.

Imaginea intitulată Calculați scorul LOD Pasul 11

Luați baza algoritmului 10 al raportului obținut mai sus (Etapa 5). De exemplu, aceasta este echivalentă cu log 53.14 = 1.73.

sfaturi

Pentru interpretarea scorului LOD, un scor LOD mai mare de 3,0 este considerat ca dovadă a legăturii. Un scor LOD de +3 indică 1000 de șanse la 1 că legătura observată nu apare din întâmplare. Pe de altă parte, un scor LOD de -2,0 este considerat o dovadă a excluderii legăturii. În exemplul de mai sus, cu un scor LOD de +1,73, link-ul este sugerat, dar nu este confirmat. Numărul mai mare de puncte de date va crește scorul LOD dacă există o legătură pentru analiză.